目的研究心率变异性（HRV）指标在病毒性心肌炎（VMC）患儿临床诊断及预后评估中的应用价值并予以分析。方法选取2022年7月至2024年7月期间医院收治的159例VMC患儿作为研究对象，纳入研究组，同时选取同期50例健康体检儿童作为对照组。比较两组间HRV指标的差异，采用受试者工作特征（ROC）曲线评估HRV指标对VMC的诊断效能。同时，根据6个月随访结果将研究组患儿分为预后不良组（n＝51）和预后良好组（n＝108），对比两组HRV水平，并通过ROC曲线分析HRV指标对预后的预测能力。结果研究组SDNN、SDANN、LF及HF水平均低于对照组（P＜0.05）。经ROC曲线分析，SDNN、SDANN、LF、HF四项HRV指标联合诊断VMC的AUC为0.942（95%CI为0.910～0.974），敏感度为89.92%，特异性为82.01%，约登指数为0.719，诊断效能显著优于各指标单独预测。不良组VMC患儿的SDNN、SDANN、LF及HF水平均低于良好组（P＜0.05），通过ROC曲线分析证实，SDNN、SDANN、LF、HF以及四项联合指标对VMC患儿预后均具有良好的预测效能。其中，四项联合预测的AUC最高（0.978），其敏感度和特异性分别为100.00%和93.33%，显著优于各单项指标单独预测。结论24h动态心电图HRV指标联合诊断与评估VMC患儿预后的价值较高。