目的探讨支气管镜肺泡灌洗液宏基因组二代测序（mNGS）与传统培养在社区获得性肺炎（CAP）病原学诊断及治疗中的应用价值。方法回顾性分析2024年1月至2025年10月绵阳市安州区人民医院收治的132例CAP患者的临床资料，所有患者均行支气管镜肺泡灌洗液的传统培养和mNGS检测，比较两种方法的阳性检出率、混合感染检出情况及病原体种类差异。结果132例患者均明确病原体确诊CAP。支气管镜肺泡灌洗液传统培养阳性19例，阳性检出率14.39%；mNGS检测阳性132例，阳性检出率100.00%，差异有统计学意义（P<0.05）。以mNGS检测结果为参考标准，传统培养对CAP病原学诊断的灵敏度为14.39%，准确率为14.39%，mNGS检测灵敏度及准确率均为100.00%。mNGS混合感染检出率为86.36%，明显高于传统培养的5.26%（P<0.05）。mNGS共检出病原体408株，其中细菌238株、病毒95株、真菌75株，检出数量多于传统培养。结论支气管镜肺泡灌洗液mNGS检测较传统培养具有更高的病原体检出率和诊断价值，并可为CAP患者抗感染治疗方案调整提供参考，对提高临床疗效具有一定指导意义。